导演：静野孔文 

主演：高山南 山崎和佳奈 小山力也 山口胜平 岩居由希子 高木涉 大谷育江 松井菜樱子 三田友子 黑田崇矢 绪方贤一 林原惠美 堀川亮 宫村优子 茶风林 汤屋敦子 置鲇龙太郎 泽木郁也 成田剑 天田益男 小山武宏 小川真司 若本规夫 广田行生 梅津秀行 麻生敬太郎 幸野善之 铃木清信 莲池龙三 土田大 津久井教生 鸟海胜美 西前忠久 三户耕三 松本大 毛利健一 甲斐田裕子 水内清光 宗矢树赖 松风雅也 柴崎幸 

晴朗时节，江户川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 配音）。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取战舰上的绝密情报。
　　为了找出隐藏的对手，柯南和灰原哀（林原惠美 配音）、阿笠博士（绪方贤一 配音）、服部平次（堀川亮 配音）以及远山和叶（宫村优子 配音）通力合作，与间谍展开连番斗智斗勇的较量…